Thématiques de recherche actuelles
Les trois sujets principaux sur lesquels portent mes recherches concernent trois espèces bactériennes différentes: Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae et Mycobacterium tuberculosis.
Dynamiques éco-évolutives d'Escherichia coli dans l'intestin humain
Escherichia coli est une bactérie commensale de l'intestin humain, mais elle peut également devenir un agent pathogène lorsqu'elle se propage au reste de l'organisme, causant par exemple des infections urinaires ou des bacteriémies. L'augmentation de la virulence et de la résistance aux antibiotiques chez cette bactérie durant les dernières décennies, notamment en France, en font un enjeu sanitaire important.
Mon travail se concentre sur la compréhension de la dynamique éco-évolutive de cette bactérie dans l'intestin de l'hôte et sa transmission entre les hôtes. Je m'intéresse particulièrement à la variabilité au sein de l'espèce, dans ses caractéristiques commensales (transmission, résidence) et pathogènes (virulence, pathogénicité).
La vaccination contre les infections à pneumocoque comme pression de sélection
Les infections invasives à pneumocoque qui touchent les jeunes enfants sont causés par la bactérie Streptococcus pneumoniae, qui réside dans le nasopharynx du nourisson. Les vaccins développés en réponse à ces infections ciblent certains sérotypes spécifiques dont la fréquence dans la population générale diminue, mais leur efficacité est limitée par l'émergence d'autres sérotypes non-ciblés.
Dans ce contexte, je m'intéresse au rôle du vaccin dans les dynamiques de ces différents sérotypes, en interaction avec les chaînes de transmission et la prise d'antibiotiques. Je cherche notamment à caractériser le rôle de la vaccination comme moteur du remplacement des sérotypes, par le biais de la libération de niches écologiques.
Distribution spatiale de la diversité de Mycobacterium tuberculosis
La tuberculose est l'une des principales causes de mortalité infectieuse dans le monde, particulièrement dans les pays en développement, avec des niveaux de résistance aux antibiotiques importants. Les méthodes les plus récentes de génotypages permettent de mieux connaître la structure phylogénétique de Mycobacterium tuberculosis, et de la comparer avec la structure des populations d'hôtes.
Mes recherches sont centrées la dynamique de ces populations d'hôtes (humains et animaux) dans le temps et l'espace, afin d'identifier les schémas de transmission de la bactérie, comprendre la distribution spatiale de la diversité génétique observée actuellement et prédire sa distribution future.
Thématiques de recherche passées
Bien que je ne travaille plus activement dessus, je me suis également impliqué dans d'autres sujets de recherche, qui continuent à m'intéresser aujourd'hui.
Etablissement et propagation des populations introduites
Les populations introduites, que ce soit volontaire ou non, doivent à la fois réussir à créer des colonies auto-suffisantes et à se propager dans leur nouvel environnement. Ces deux objectifs peuvent entrer en conflit, car les procesus de mulitplication et de dispersion des individus s'influencent mutuellement et interagissent avec la structure de l'environnement envahi.
Mes travaux portent sur le rôle de l'hétérogénéité spatiale au sein de l'aire envahie, dans sa qualité et sa connectivité, sur l'établissement et la propagation de ces populations. J'étais particulièrement intéressé aux mécanismes sous-tendant l'avancée des fronts d'invasion, et leur interaction avec l'environnement.
Mouvements commerciaux d'animaux et propagation des infections
Les maladies des animaux d'élevages posent des problèmes sanitaires et économiques, aggravés par le recours intensif aux antibiotiques pour les traiter. La propagation infectieuse n'est pas seulement due aux interactions au sein d'un troupeau, mais aussi aux achats et ventes d'animaux, qui créent un réseau de mouvements dont la structure peut être analysée, voire modifiée.
Pour lutter contre les maladies bovines en particulier, j'ai cherché à évaluer l'efficacité de leviers logistiques (liés à l'origine, la destination et l'organisation des transports d'animaux) pour limiter la propagation des infections à une échelle régionale, tout en tenant compte des contraintes et dynamiques infectieuses à l'échelle de l'élevage.